中國科學院南京地理與湖泊研究所的前身系1940年8月在重慶北碚成立的中國地理研究所，是全國唯一以湖泊-流域系統(tǒng)為主要研究對象的綜合研究機構，中國科學院院士黃秉維、任美鍔、周立三曾先后擔任過所長。

　　研究所的戰(zhàn)略定位是開展自然和人文要素驅動下湖泊－流域系統(tǒng)過程、格局及其相互作用與調(diào)控機理研究，為湖泊科學研究、湖泊資源合理利用、湖泊環(huán)境治理與生態(tài)保護以及區(qū)域可持續(xù)發(fā)展做出基礎性、戰(zhàn)略性和前瞻性貢獻。研究所將努力建設成為國際一流的湖泊科學基礎研究和高層次人才培養(yǎng)基地、國家湖泊資源利用與環(huán)境治理工程技術研究中心、經(jīng)濟發(fā)達地區(qū)可持續(xù)發(fā)展科學研究與決策咨詢中心。